Selimiye Camii’nin inşasına başlandığı tarih kesin olarak bilinmemektedir. Ancak Selimiye Camii kapısı üzerinde bulunan cami kitabesinde, inşaasına 1568 (H. 976) yılında başlandığı kaydedilmiştir.

Cami inşaatının başlangıç döneminde Edirne kadısına Divan’dan gönderilen 20 Haziran 1568 tarihli emirde, camii inşaatı nedeniyle fiyatları arttıran kereste tüccarlarının, fiyatlarını kontrol etmesi istenilmiştir. Bu belge ile birlikte Selimiye Camii’nin, 20 Haziran 1568 tarihinden sonraki yaz aylarından birinde temel kazısının başlamış olabileceği düşünülebilir.

Dayezade Mustafa Efendinin Risale-i Selimiye adlı eserinde, Sultan Selim, Hicri 976 senesinin Sefer ayının 27. Günü (21 Ağustos 1568) caminin yapımını Mimar Sinan’a havale ettiği ve yerinin seçilmesini emrettiği kaydedilmiştir.